PCR anidado múltiple para detección de fitoplasmas y begomovirus identificados en cultivos de soya en Cuba

Resumen

El objetivo del presente trabajo fue desarrollar un ensayo de PCR múltiple anidado para la detección simultánea de fitoplasmas y los begomovirus identificados en cultivos de soya en Cuba. Se diseñaron dos parejas de cebadores específicos a los begomovirus Tobacco yellow crinkle virus (TbYCV) y Rhynchosia golden mosaic Yucatan virus (RhGMYuV) que se utilizaron, conjuntamente, con dos parejas de cebadores universales para la detección genérica de fitoplasmas bajo condiciones ya establecidas. Se optimizaron los parámetros críticos para el ensayo de PCR anidado para begomovirus que incluyeron: evaluación de la temperatura óptima de alineamiento de los cebadores al molde, sensibilidad analítica y la especificidad de los cebadores. Se optimizaron los parámetros críticos para el ensayo de PCR múltiple anidado; estos fueron: evaluación de diferentes combinaciones de concentraciones de los cebadores diseñados con las condiciones establecidas para nPCR de fitoplasmas, sensibilidad analítica y repetitividad intra e interensayo. Se determinaron los parámetros de desempeño del ensayo de nPCR múltiple. En el ensayo múltiple se amplificaron satisfactoriamente los fragmentos esperados para el TbYCV (988 kb), RhGMYuV (968 kb) y los fitoplasmas (1250 kb), confirmando la detección simultánea, sensible y específica de estos patógenos. Los parámetros analíticos de desempeño del ensayo fueron superiores a 90 %. El ensayo de PCR anidado múltiple desarrollado permite una detección sensible, rápida y de menor costo para la detección de los fitoplasmas y begomovirus que afectan el cultivo de soya en Cuba. Estos resultados son los primeros de este tipo para el país y aportan nuevos elementos metodológicos para la validación de ensayos de detección de patógenos de plantas.