Secuenciación y ensamblaje de novo de genomas bacterianos: una alternativa para el estudio de nuevos patógenos
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Resumen
Las tecnologías de secuenciación de nueva generación han revolucionado el campo de la genómica, permitiendo la secuenciación de un gran número de genomas en muy poco tiempo. El genoma brinda, en principio, el catálogo completo de genes que un organismo puede expresar, pero la interpretación de esta información, a todos los niveles (desde el enorme volumen de datos crudos originados por el secuenciador hasta los miles de genes identificados en paralelo asociados a diversas funciones) constituye un gran reto desde el punto de vista computacional. El ensamblaje de novo es uno de los procedimientos empleados para reconstruir genomas, principalmente bacterianos. En este artículo se revisan las principales tendencias en la secuenciación y, específicamente, en el ensamblaje de novo.
Palabras clave: secuenciación de genomas, tecnologías de secuenciación de nueva generación, ensamblaje de novo.
Sequencing and de novo assembly of bacterial genomes: an approach to study new pathogens
ABSTRACT: Next Generation Sequencing technologies have revolutionized the field of genomics allowing sequencing of a large number of genomes in a short period of time. The genome provides, in principle, the complete catalogue of genes which can be expressed by a microorganism. But the interpretation of this information, at each level (from the huge volume of raw data originated by the sequencer to the thousands of genes identified in parallel associated with various functions), is a major challenge from the computational point of view. De novo assembly is one of the approaches used to reconstruct genomes, particularly bacterial genomes. In this paper the main trends regarding sequencing, and specifically the de novo assembly, are reviewed.
Key words: genome sequencing, next generation sequencing, de novo assembly.
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