Estandarización de un ensayo de RT-PCR en tiempo real basado en SYBR Green-I para la detección del virus de la influenza equina

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Publicado: ene 1, 2018
Palabras clave:
virus de la influenza equina, ensayo de RT-PCR en tiempo real basado en SYBR Green-I

Contenido principal del artículo

Ana María Acevedo
National Center for Animal and Plant Health
Ana María Lazo
National Center for Animal and Plant Health
Damarys Relova
National Center for Animal and Plant Health
Carmen Laura Perera
National Center for Animal and Plant Health

Resumen

La influenza equina es una infección respiratoria aguda de los caballos, burros, mulas y cebras. Actualmente, los ensayos de reverso transcripción acoplados a la reacción en cadena de la polimerasa (RT-PCR) y RT-PCR en tiempo real (rRT-PCR) están siendo ampliamente usados en los laboratorios de diagnóstico, como una alternativa más sensible al aislamiento viral, para la detección del virus de influenza equina. El objetivo de este estudio fue estandarizar un ensayo de rRT-PCR, basado en SYBR Green-I acoplado a análisis de curvas de disociación para la detección del virus de influenza equina (gen M) y la tipificación del gen de la hemaglutinina (HA). Se evaluaron la sensibilidad y la especificidad del ensayo (gen M). En términos de números de copias del gen de la matriz, el límite de detección fue de 4,5 copias del gen/μL del ARN transcripto in vitro. El rango lineal obtenido para el transcripto en el ensayo generó una curva estándar desde 107 hasta 100 copias del gen/µL en término de número de copias de ARN. El coeficiente de correlación (R2) fue de 0,99 para las copias de ARN detectadas en agua libre de nucleasas. El error de la curva estándar fue de 0,0139. El ensayo de rRT-PCR mostró ser específico para el virus de influenza equina. No se obtuvieron curvas de amplificación específicas con los otros virus evaluados, como son arteritis viral equina, herpesvirus equino-1 y herpesvirus equino-4. El ensayo mostró amplificación y curvas de disociación específicas cuando se evaluó la segunda pareja de cebadores contra el gen de la hemaglutinina. Así, el ensayo propuesto de rRT-PCR, basado en SYBR Green-I para la detección del virus de influenza equina, puede ser usado en caso de una posible emergencia de este agente en Cuba.

Detalles del artículo

Cómo citar
1.
Acevedo AM, Lazo AM, Relova D, Perera CL. Estandarización de un ensayo de RT-PCR en tiempo real basado en SYBR Green-I para la detección del virus de la influenza equina. Rev. Salud Anim. [Internet]. 1 de enero de 2018 [citado 14 de noviembre de 2024];40(3). Disponible en: https://revistas.censa.edu.cu/index.php/RSA/article/view/996
Número
Vol. 40 Núm. 3 (2018): septiembre-diciembre
Sección
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Citas

Sovinova´O, Tu¨mova´B, Pouska F, Nemec J. Isolation of a virus causing respiratory disease in horses. Acta Virol. 1958;2:52-61.

Wadell GH, Teigland MB, Siegel MM. A new in?uenza virus associated with equine respiratory disease. J Am Vet Med Assoc. 1963;143:587-590.

Webster RG. Are equine 1 influenza viruses still present in horses? Equine Vet J. 1993;25: 537-538.

Office International des Epizooties. Equine influenza. Manual of standards for diagnostic tests and vaccines. Office International des Epizooties, Paris, France. 2000:546-557.

Office International des Epizooties. Conclusions and recommendations from the consultation meeting of OIE and W.H.O. experts on equine influenza, Newmarket, United Kingdom, 18-19 September 1995. Office Int. Epizoot. Bull. 1996;108:482-484

Morley PS, Bogdan JR, Townsend HG, Haines DM. Evaluation of Directigen Flu A assay for detection of influenza antigen in nasal secretions of horses. Equine Vet J. 1995;27:131-134.

Quinlivan MA, Cullinane M, Nelly K, Van Maanen, Heldens J, Arkins S. Comparison of sensitivities of virus isolation, antigen detection,and nucleic acid amplification for detection of equine influenza virus. J Clin Microbiol. 2004;42:759-763.

Foord AJ, Selleck P, Colling A, Klippel J, Middleton D, Heine H. Real-time RT-PCR for detection of equine influenza and evaluation using samples from horses infected with a/equine/sydney/2007 (h3n8). Vet Microbiol. 2009;137:1-9.

Lu Z, Chambers TM, Boliar S, Branscum AJ, Sturgill TL, Timoney PJ,et al. Development and evaluation of one-step taqman real-time reverse transcription-PCR assays targeting nucleoprotein, matrix and hemagglutinin genes of equine influenza virus. J Clin Microbiol. 2009;47:3907-3913.

Aeschbacher S, Santschi E, Gerber V, Stalder HP, Zanoni RG. Development of a real-time RT-PCR for detection of equine influenza virus. Schweiz Arch Tierheilkd. 2015;157(4):191-201.

Balasuriya Udeni BR, Lee Pei-Yu, Tiwari A, Skillman A, Nam B, Chambers TM, et al. Rapid detection of equine influenza virus H3N8 subtype by insulatedisothermal RT-PCR (iiRT-PCR) assay using the POCKITTMNucleic Acid Analyzer. J Virol Methods. 2014;207:66-72.

Rios L, Perera CL, Coronado L, Relova D, Álvarez AM, Ganges L, Díaz de Arce H, Núñez JI, Pérez LJ. Strategy for Pan/Foot-and-Mouth Disease Virus (FMDV) Detection: A Combination of Sequences Analysis, in Silico Predictions and Laboratory Diagnostic Evaluation. Front Vet Sci. 2018;5:1-13.

Chen J, Zhao Z, Chen Y, Zhang J, Yan L, Zheng X, et al. Development and application of a SYBR green real-time PCR for detection of the emerging avian leukosis virus subgroup K. Poult Sci. 2018;97(7):2568-2574.

Chen GH, Tang XY, Sun Y, Zhou L, Li D, Bai Y, et al. Development of a SYBR Green-based real-time quantitative PCR assay to detect PCV3 in pigs. J Virol Methods. 2018;251:129-132.

Zhu Z, Fan H, Qi X, Qi Y, Shi Z, Wang H,et al. Development and evaluation of a SYBR Green-based real time RT-PCR assay for detection of the emerging avian influenza A (H7N9) virus. PLoS One. 2013;8(11):e80028.

Acevedo AM, Perera CL, Vega A, Ríos L, Coronado L, Relova D, et al. A duplex SYBR Green I-based real-time RT-PCR assay for the simultaneous detection and differentiation of Massachusetts and non-Massachusetts serotypes of infectious bronchitis virus. Mol Cell Probe. 2013;27:184-192.

Prieto A, Díaz-Cao JM, Fernández AR, Panadero R, Díaz P, López C, et al. (2014). Application of real-time PCR to detect Aleutian Mink Disease Virus on environmental farm sources. Vet Microbiol. 173;355-359.

Yang Y, Qin X, Zhang W, Li Y, Zhang Z. Rapid and specific detection of porcine parvovirus by isothermal recombinase polymerase amplification assays. Mol Cell Probe. 2016;30:300-305.

Wang J, Liu L, Li R, Wang J, Fu Q, Yuan W. Rapid and sensitive detection of canine parvovirus type 2 by recombinase polymerase amplification. Arch. Virol. 2016;161:1015-1018.

Díaz de Arce H, Pérez LJ, Frías MT, Rosell R, Tarradas J, Núñez JI, et al. A multiplex RT-PCR assay for the rapid and differential diagnosis of classical swine fever and other pestivirus infections. Vet Microbiol. 2009;139:245-252.

Spackman E, Senne DA, Myers TJ, Bulaga LL, Garber LP, Perdue ML, et al. Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 haemagglutinin subtypes. J Clin Microbiol. 2002;40:3256-3260.

Navarro E, Serrano-Heras G, Castaño MJ, Solera J. Real-time PCR detection chemistry. Clin Chim Acta. 2015;439:231-250.

Wernike K, Beer M, Hoffmann B. Rapid detection of foot-and-mouth disease virus, influenza A virus and classical swine fever virus by high-speed real-time RT-PCR. J Virol Methods. 2013;193(1):50-54.

Quinlivan M, Dempsey E, Ryan F, Arkins S, Cullinane A. Real-time reverse transcription PCR for detection and quantitative analysis of equine influenza virus. J Clin Microbiol. 2005;43: 5055-5057.

Website http://www.qiagen.com. Application Note. Comparing SYBR(r) Green- and probe-based detection in real-time PCR. QIAGEN. 2017.

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