Diagnóstico mediante qPCR de las razas 1, 2 y 4 tropical de Fusarium oxysporum f. sp. cubensis, agente causal del mal de Panamá de las musáceas

Resumen

Fusarium oxysporum f. sp. cubensis (Foc), agente causal del mal de Panamá, es uno de los patógenos más nocivos que afectan las musáceas y no puede ser diferenciado morfológicamente de otros F. oxysporum. La enfermedad tiene un largo periodo de incubación que dificulta el diagnóstico temprano, los estudios epidemiológicos y de manejo. Se aisló y purificó el ADN de cuatro aislamientos de la raza 1 (R1, VCG 01210 y 0124), nueve de raza 2 (R2, VCGs 0124, 0124/0125, 0128 y 1210), cinco Nit M de raza tropical 4 (R4T, VCG 01213), uno de la raza 4 subtropical (R4S) y tres de los VCGs, 0120, 0123 y 0124/0125, así como de F. oxysporum asociados a lesiones necróticas en raíces de plátanos y F. pallidoroseum de lesiones de la pudrición de la corona. Se amplificó la región IGS del operón nuclear ribosomal utilizando los cebadores CNS1-CNL12 y se secuenciaron los amplicones obtenidos. Basado en los polimorfismos de los nucleótidos, se desarrollaron cebadores para qPCR para la identificación cuantitativa de aislamientos y tejidos infectados de bananos por Foc TR4 (qFocR4T-f y qFocR4T-r), y R1/R2 (qFocR1R2-f y qFocR1R2-r). Se desarrollaron protocolos individuales de diagnóstico por qPCR utilizando SybrGreen. Se obtuvieron altas sensibilidad y especificidad en el diagnóstico que permitió la detección de 1pg de ADN específico de R4T y R1/R2, respectivamente. Se verificó la similitud de las secuencias de los amplicones con los cebadores, lo que demostró la especificidad de las reacciones. Estos sistemas contribuirán al diagnóstico temprano y cuantitativo de Foc R4T y R1/R2, al conocimiento de la epidemiología, la interacción Foc-Musa spp., así como al desarrollo de herramientas de manejo.