Diversidad molecular de begomovirus en el cultivo del pimiento (Capsicum annuum L.) en Cuba

Abstract

El objetivo de este trabajo fue determinar la diversidad molecular de begomovirus asociados al cultivo del pimiento en Cuba. Para ello, en el periodo 2006- 2010 se realizó una prospección de begomovirus en las principales áreas de producción de pimiento en Cuba. Se colectaron 600 muestras foliares de plantas que mostraron síntomas típicos de enfermedades virales y de estas se seleccionaron al azar 50 por región para su evaluación. El ADN total extraído se evaluó mediante una PCR con cebadores universales a begomovirus (Palv1978/PARc496). A partir de muestras positivas se amplificó su ADN genómico circular completo mediante la amplificación en círculo rodante. Los productos se caracterizaron mediante análisis de restricción, utilizando las enzimas Sac I, BamH I, Hind III, Cla I, Kpn I, Sal I, Pst I. Se detectó infección por begomovirus en el 100% de las muestras evaluadas mediante PCR con cebadores universales, sugiriendo la presencia de estos virus en áreas de este cultivo de las tres regiones del país. Los enzimas Sac I, Bamh I, Sal I y Pst I produjeron un corte en sitios únicos en los ADN circulares obtenidos, liberando un único fragmento lineal de la talla esperada (2.6-2.7 Kb) en estas muestras. Los resultados obtenidos muestran la posible presencia de diferentes especies de begomovirus circulando en el cultivo, la ocurrencia de recombinantes virales de los informados previamente o la presencia de los dos componentes genómicos en estas muestras. Se evidenció diversidad molecular de estas especies en el cultivo del pimiento en Cuba.

Palabras clave: begomovirus, PCR, Amplificación en Círculo Rodante, polimorfismo de longitud de fragmentos de restricción, diversidad molecular.

MOLECULAR DIVERSITY OF BEGOMOVIRUSES IN THE PEPPER CROP IN CUBA

ABSTRACT: The main areas for pepper production in Cuba were surveyed during 2006-2010 to determine the molecular diversity of the begomoviruses in this crop. Six hundred leaf samples with typical symptoms of viral diseases were collected, and from them, 50 samples per region were randomly selected for their evaluation. The total DNA extracted from each sample was previously tested by conventional PCR using begomovirus universal primers (Palv 1978/PARc496). The positive samples were used as a template for the full-length circular genome amplification by Rolling Circle Amplification. The amplified products were characterized by restriction fragment length polymorphism analysis (RFLP) with the enzymes Sac I, BamH I, Hind III, Cla I, Kpn I, Sal I, Pst I.Begomovirus infection was detected in 100% of the samples evaluated by conventional PCR, suggesting the presence of these viruses in all the regions of the country. The enzymes Sac I, Bamh I, Sal I and Pst I produced unique cuts in unique sites in the isolated genomes liberating a unique fragment with the expected length (2.6-2,7kb), and detecting four polymorphic profiles in these samples. The obtained results show the possible presence of different begomoviruses species circulating in the crop, the occurrence of viral recombinants of previously informed or the presence of the two viral components in these samples. These results could also be associated with the presence of the two viral components in these samples. It was made evident the molecular diversity in these species of begomoviruses in the pepper crop in Cuba.

Key words: begomoviruses, PCR, Rolling Circle Amplification, restriction fragment length polymorphism analysis, molecular diversity.