Diversidad genética de aislados de Ralstonia solanacearum de Cuba, mediante amplificación de las regiones repetitivas del genoma (REP-PCR)

Abstract

Se estableció la diversidad genética de 30 aislados cubanos de Ralstonia. solanacearum, obtenidos de papa y tomate y pertenecientes a los biovares 1 y 2, mediante la amplificación de las secuencias consenso repetitivas intergénicas de enterobacterias (rep-PCR) con los cebadores ERIC. El método permitió distinguir 11 genotipos entre los aislados cubanos. Las agrupaciones primarias alcanzadas, mediante el análisis de conglomerados, se correspondieron con el biovar de los aislamientos, mientras que las subdivisiones encontradas dentro de cada grupo, tuvieron relación con el hospedero del cual fueron obtenidos. Los aislados de papa mostraron un coeficiente de similitud del 37,2% y la presencia de variantes específicas para cada región geográfica dentro de cada biovar. Los aislados de tomate registraron una similitud del 71,3%, con la presencia cruzada del mismo genotipo en diferentes regiones geográficas y la incidencia de diferentes variantes genéticas en una misma región. El Análisis de Componentes Principales explicó el 81,32% de la variabilidad de los aislados, lo que corroboró las agrupaciones de acuerdo al hospedero y el biovar, y permitió establecer relaciones según la ubicación geográfica. Las distribución diferencial de la diversidad genética entre los aislados cubanos de R. solanacearum, que se obtuvieron de los cultivos de papa y tomate, puede ser una herramienta útil para el establecimiento de medidas específicas para el control de la Marchitez Bacteriana en Cuba.

Palabras clave: Ralstonia solanacearum, diversidad genética, rep-PCR, papa, tomate.

Genetic diversity among Cuban strains of Ralstonia solanacearum assessed by repetitive sequence-based polymerase chain reaction (REP-PCR)

ABSTRACT: The genetic diversity among 30 Cuban strains of Ralstonia solanacearum isolated from potato and tomato and belonging to biovars 1 and 2, was assessed by the repetitive sequence based polymerase chain reaction (rep-PCR) method with ERIC primer sets. The method defined 11 genotypes from all the strains. The primary groupings obtained by cluster analysis corresponded with the strain biovar, while the subdivisions found within each group were related to the host from which the strains were obtained. Potato isolates showed a 37.2% similarity and the presence of specific variants within each biovar for each geographic region. Isolates from tomato showed a similarity of 71.3 % with the cross presence of the same genotype in different geographic regions and the incidence of different genetic variants in the same region. The Principal Component Analysis explained 81.32 % of isolate variability, which corroborated the groupings according to the host and biovar and allowed to establish relationships based on the geographic location. The differential distribution of the genetic diversity among Cuban R. solanacearum strains from potato and tomato crops may be useful information to establish specific measures to control the bacterial wilt disease in Cuba.

Key words: Ralstonia solanacearum, genetic diversity, rep-PCR, potato, tomato.