Diversidad genética de Phytophthora spp. en plantaciones venezolanas de cacao mediante marcadores ISSR

Abstract

Phytophthora spp. engloba cuatro especies responsables del cáncer del tronco y mancha negra de la mazorca en el cultivo del cacao (Theobroma cacao L.) en Venezuela. Pytophthora palmivora (E.J. Butler) E.J. Butler es la de mayor distribución, seguida de Pytophthora megasperma Drechsler, Pytophthora capsici Leonian y Pytophthora citrophthora (R.E. Sm. & E.H. Sm.) Leonian. Con el objetivo de conocer la base genética de la población de Phytophthora spp. de cacao se analizó la diversidad mediante marcadores moleculares, tipo ISSR. Se realizaron muestreos en fincas productoras de las tres principales zonas cacaoteras de Venezuela. Se identificaron morfológicamente 49 aislados de Phytophthora spp. hasta género, a partir de los cuales se generaron los perfiles genéticos con tres, de los seis iniciadores ISSR (880, 888 y 890). Se generó una matriz de 49x55 que se analizó mediante Análisis de Coordenadas Principales (ACoP), Análisis de Conglomerados y el ajuste de un Biplot Logístico Externo (BLE). Los iniciadores ISSR permitieron la construcción de la huella genética de los aislados estudiados, la misma no mostró asociación con el sitio de origen. El ACoP diferenció tres grupos principales, los cuales pudieran ser predictivos de al menos tres especies y que a su vez serían las más frecuentes que afectan a las plantaciones de cacao del país. Al mismo tiempo, el BLE permitió identificar que del total de 55 fragmentos amplificados, solo tres bandas del iniciador 888 intervienen directamente en la separación de los grupos (1.400pb, 3.200pb y 4.600pb). De este modo, BLE posibilita analizar la relación entre los aislados y, al mismo tiempo, la relación entre aislado-alelo y alelo-alelo.

Palabras clave: cacao, ISSR, diversidad genética, Phytophthora.

Genetic diversity of Phytophthora spp. from Venezuelan cacao plantations by ISSR markers

ABSTRACT

Phytophthora spp. comprises four species responsible for canker of the trunk and black pod of cacao (Theobroma cacao L.) in Venezuela. Pytophthora palmivora (E.J. Butler) E.J. Butler is the most widely distributed species, followed by Pytophthora megasperma Drechsler, Pytophthora capsici Leonian, and Pytophthora citrophthora (R.E. Sm. & E.H. Sm.) Leonian. In order to understand the genetic basis of the population of Phytophthora spp. on cacao, its diversity was analyzed by ISSR molecular markers. Samples from the three main cocoa growing areas of Venezuela were collected. Forty nine isolates were morphologically identified at the genus level, from which genetic profiles were generated with three out of six, ISSR primers (880, 888 and 890). A matrix 49x55 was analyzed by Principal Coordinates Analysis (ACoP), Cluster Analysis and External Logistics Biplot (BLE). The ISSR primers allowed the construction of the genetic fingerprinting of the isolates; it showed no association with the site of origin. The ACoP distinguished three main groups, which could be predictive of at least three species, which in turn would be the most frequently affecting cocoa plantations in the country. At the same time, BLE enabled us to identify that, of the total of 55 amplified fragments, only three bands of the primer 888 (1.400pb, 3.200pb, and 4.600pb) were directly involved in the separation of the groups. Thus, BLE showed not only the relationship among isolates, but at the same time the relationship between isolate-allele and allele-allele.

Key words: cacao, ISSR, diversity, Phytophthora.